Главная достопримечательность местной островной природы – деревья суги. От своих собратьев они отличаются невероятно мощным стволом и довольно пышной зелёной верхушкой, которая своим видом задаёт всему лесу достаточно сумрачный тон. Через плотные кроны различных растений свет от солнца едва-едва попадает внутрь.
Вся флора Якусимы включает в себя более 1900 видов растений – все они распределены по скалистым горам и лесам. Внизу растут различные фикусы и дикий инжир, а выше – от двухсот метров – вечнозеленые дубы, карликовые каштаны, камфорное дерево и туи. А уже выше, после отметки в 800 метров, растёт известнейший японский клён.
В этих лесах обитает множество непуганых цивилизацией оленей, обезьян и птиц. Всего на острове Якусима порядка тридцати горных вершин от километра и выше. Самые высокие называют «Парящими Альпами»: это горы Нагата (1886 метров) и Мияноура (1936 метров).